Это все сделано для сохранения коммерческих и личных тайн по требованию регулирующих агентств (FDA, Federal Drug Administration). Как следствие нашей специфики: мы обслуживаем клинические испытания. А конкретно - беремся за любую работу, где надо тем или иным способом изучать ДНК и/или РНК, полученные от пациентов. Вот пример: некая Большая Фарма (Big Pharma - так обычно называют международные фармацевтические компании с десятками тысяч сотрудников) собирается заплатить нам 8 миллионов за анализ около 60 тысяч клинических образцов ДНК на предмет наличия определенной мутации в некоем гене. Для Большой Фармы - это ерундовая трата, ведь вывод на рынок нового лекарства через все регуляции стоит около 2-3 миллиардов долларов, и это без учета денег, пошедших на саму разработку (пара сотен миллионов в среднем). А мы включаем своих роботов, и вперед.
Но разумеется все совсем не так просто, как оно звучит. Для регулирующих агентств совершенно необходимо документировать каждый шаг клинических испытаний. Для чего существуют ЛИМС (LIMS – laboratory information management system): система менеджмента лабораторной информации. ЛИМСы у нас растут, как грибы в лесу, под каждой елкой и без особого порядка. Первым был исторически запущен ЛИМС для хранения информации о местонахождении образцов. У нас тут примерно сто морозилок стоит, на минус 20 и минус 80. Морозилки примерно на 1.5-2 кубометра каждая, а дальше полки и коробочки. Полки имеют четырехзначные номера, а коробочки - пятизначные. Когда образцы поступают в лабу, их тут же регистрируют и распихивают по морозилкам. Помогают регистрации баркоды. Если образцы поступают в лабу без баркодов, то наши дерут с клиента дополнительно 10 долларов с образца за перенос в пробирки с баркодами.
Из образцов выделяют ДНК и РНК, которые потом проверяют на количество и качество. Полученные данные в первичный ЛИМС не лезут, он не так был сдизайнирован. Для данных по контролю качества создан уже следующий ЛИМС. Дальше ДНК и РНК можно анализировать десятками разных способов. К счастью, некоторые способы удается консолидировать в единый ЛИМС. Поэтому ЛИМСов у нас всего около дюжины. Это лабораторных. А еще есть базы данный для менеджмента проектов, но мы туда не лезем, мы лабораторные крысы. Друг с другом ЛИМСы разговаривать не умеют. Поэтому вся основная работа по изготовлению сводных таблиц с данными делается нами вручную в экзеле, скачивая туда данные из разных ЛИМСов. А таблицы потом надо хранить. Где? В очередном ЛИМСе...Да еще и для себя неплохо эти файлы иметь. Ибо во время лабораторной работы тебе просто некогда шуроваться по ЛИМСам, и прыгать между окнами в компьютере. Так что у каждого из нас еще и своя база данных на всякий пожарный.
Наши приборы - это отдельная песня, иногда очень круто смотреть на стройный ряд из 20 секвенаторов ДНК (которые читают последовательность нуклеотидов). Однако наличие роботов отнюдь не уменьшает количество работы для людей, а скорее увеличивает. Проблема в том, что каждый "пробег" прибора, каждый этап эксплуатации - это очередное окошко с клетками в соответствующем ЛИМСе, которые надо заполнить. А каждый контейнер, пробирка и плашка имеют баркод, который надо внести в ЛИМС. Иногда не один раз.
Многие процедуры анализа ДНК и РНК многостадийны. Для максимальной автоматизации за раз в обработку стараются отправить как можно больше образцов, сколько влезет на плашку или картридж. И самое страшное, что может случиться - это путаница, где какой образец. Поэтому перенос из отдельных пробирок в картридж или плашки осуществляется только специальными роботами, вручную запрещено. И вот вместо того, чтобы просто пипеточкой перенести образцы, ты открываешь специальную страницу нужной процедуры в ЛИМСе, плюс программу управления роботом, плюс заветный экзел-файл (который позволяет не заблудиться в этом лесу окончательно), плюс описание методики. Откручиваешь крышечки с пробирочек, сканируешь баркоды, расставляешь требуемые роботом материалы на роботическом столе в соответствии со строгой схемой, нарисованной программой. Судорожно проверяешь, все ли на месте (трижды плюешь через левое плечо). И нажимаешь на заветную кнопочку Старт. После чего надо сидеть и наблюдать за роботом, чтобы он все правильно сделал. А в конце тебя снова ждет очередное окно в ЛИМСе, куда надо внести данные об окончании процесса. Ибо следующий этап можно запустить, только если ЛИМС знает, что закончен предыдущий. Право же, пипеточкой я бы все перенесла еще час назад, и без ошибок. А прыгая по ЛИМСам, то и дело ошибаешься, так как отвлекаешься на всякую фигню. Истинный бунт роботов - это вовсе не металлические скелеты с пулеметами из Терминатора. На самом деле роботы просто вызывают полный паралич человеческого существа, приставленного к ним для управления, выводят его из строя, и сильно затрудняют осмысленную работу.
Давеча меня спросили, а что я думаю про систему ЛИМСов. Я вежливо ответила: "Я уверена, что вы не захотите узнать мое мнение. Оно цензурными словами выражено быть не может. А нецензурно я не стану, вы меня иначе уволите". Тогда меня утешили: наши страдания услышаны. Оказывается, наши сейчас создают еще один ЛИМС, который объединит все остальные ЛИМСы. Кольцо Всевластия для наших Сауронов. Чтобы победить Дракона, надо создать еще большего Дракона.
Что же меня утешает? Вообще-то я тут в исследователях, моя хата с краю. Я постоянно сбегаю в новые проекты, где все делаешь вручную, пробирки без баркодов, а роботы еще не взбунтовались и подчиняются простым командам. Правда иногда, если речь идет о 60 тысячах образцов, помогают все, и исследователи тоже. Так что пока я периодически отвлекаюсь от нормальной работы и подвергаюсь трейнингу, чтобы быть полезным членом общества. Цинично себя убеждаю, что зарплата здесь хорошая, народ милый, отпуска - целый месяц, а роботы народ не убивают, только мучают.